MacOS 安装 Mamba 报错 “Error while loading conda entry point: conda-libmamba-solver” 的解决办法

admin • • 移动开发

1 What is Conda?

Conda （Anaconda、Miniconda） 是一个功能强大、工具全面的包管理和环境管理工具（姑且可以理解为应用超市），其对于计算机技能没这么娴熟的生信工作者来说，是安装软件的一个福音。但是，他有一个最致命的缺点，就是「慢」！

生信工具很多都需要其他依赖，尤其是依赖包多起来的时候，用 conda 来安装软件可能过了一晚上还是只能看到一下几行代码在反复横跳......甚至很多时候直接 fail 掉

Collecting package metadata (current_repodata.json): done
Solving environment: unsuccessful initial attempt using frozen solve. Retrying with flexible solve.
Solving environment: unsuccessful attempt using repodata from current_repodata.json, retrying with next repodata source.
Collecting package metadata (repodata.json): done
Solving environment: unsuccessful initial attempt using frozen solve. Retrying with flexible solve.
Solving environment: / 
Found conflicts! Looking for incompatible packages.
This can take several minutes.  Press CTRL-C to abort.
......

2 What is Mamba?

Mamba 是一个开源的 Python 发行版本，是 Conda 的替代品，用法与 Conda 完全一致，但是速度比 Conda 快不是一点半点。

特别是在安装 BUSCO 这种依赖特别多，文件特别大的软件，优势就非常明显了

3 How to Install Mamba?

Mamba 有 2 种安装方法：

        1. 直接用 Mambaforge/Miniforge 代替 Anaconda/Miniconda（官方推荐）

curl -L -O "https://github.com/conda-forge/miniforge/releases/latest/download/Mambaforge-$(uname)-$(uname -m).sh"
bash Mambaforge-$(uname)-$(uname -m).sh

#或者下载安装包进行本地 bash 安装：
#https://github.com/conda-forge/miniforge

        2. 在 Conda 的 base 环境安装 mamba（官方不推荐）

conda install -n base -c conda-forge mamba

对于第 1 种安装方法，需要将 conda 的命令都换成 mamba，例如：

mamba list
mamba env list
mamba create -n busco
mamba install -c bioconda busco

对于用习惯了 conda 的人来说，切换可能不太自如，还是想用 conda 的命令，这时候很多人会选择第 2 种安装方式（me too.）

4 Troubleshooting While Using Mamba Under Conda's Environment

但是使用第 2 种方式安装经常会发生一个报错（Linux/MacOS）:

#Linux
Error while loading conda entry point: conda-libmamba-solver (/home/${USER}/miniconda3/lib/python3.11/site-packages/libmambapy/../../../libmamba.so.2: undefined symbol: archive_read_support_filter_zstd)

#用户名用${USER}代替

报错内容提到：undefined symbol: archive_read_support_filter_zstd

意味缺少对 archive（压缩文档）的支持

一番折腾后，发现可能是缺少了 libarchive ，这是一个 C 库，用于处理压缩格式的文件如 tar、ZIP、7-Zip，这是 mamba 的其中一个依赖。

为了解决这个报错，可以先尝试安装这个库，如使用 conda 安装：

conda install -c conda-forge libarchive

conda 会安装相关内容：

## Package Plan ##

  environment location: /home/${USER}/miniconda3

  added / updated specs:
    - libarchive


The following packages will be downloaded:

    package                    |            build
    ---------------------------|-----------------
    libarchive-3.6.2           |       h3d51595_0         816 KB  conda-forge
    lzo-2.10                   |    h516909a_1000         314 KB  conda-forge
    ------------------------------------------------------------
                                           Total:         1.1 MB

The following NEW packages will be INSTALLED:

  lzo                conda-forge/linux-64::lzo-2.10-h516909a_1000 

The following packages will be SUPERSEDED by a higher-priority channel:

  libarchive         pkgs/main::libarchive-3.6.2-h6ac8c49_2 --> conda-forge::libarchive-3.6.2-h3d51595_0

安装完成后，尝试使用 conda 或者 mamba 看看是否还会发生报错，如：

conda --version
conda list
conda env list
mamba info
...

如果没有出现报错，恭喜你，可以愉快使用 mamba 了！

但是对于 MacOS 的用户，报错往往依旧（me too...）

查看 libarchive 库已经是安装了的，但还是有报错：

#MacOS
Error while loading conda entry point: conda-libmamba-solver (dlopen(/Users/${USER}/miniconda3/lib/python3.11/site-packages/libmambapy/bindings.cpython-311-darwin.so, 0x0002): Library not loaded: @rpath/libarchive.13.dylib
  Referenced from: <C8DA2B44-4ACA-376E-BAFF-572CA6EBD14D> /Users/${USER}/miniconda3/lib/libmamba.2.0.0.dylib
  Reason: tried: '/Users/${USER}/miniconda3/lib/libarchive.13.dylib' (no such file), '/Users/${USER}/miniconda3/lib/python3.11/site-packages/libmambapy/../../../libarchive.13.dylib' (no such file), '/Users/${USER}/miniconda3/lib/python3.11/site-packages/libmambapy/../../../libarchive.13.dylib' (no such file), '/Users/${USER}/miniconda3/bin/../lib/libarchive.13.dylib' (no such file), '/Users/${USER}g/miniconda3/bin/../lib/libarchive.13.dylib' (no such file), '/usr/local/lib/libarchive.13.dylib' (no such file), '/usr/lib/libarchive.13.dylib' (no such file, not in dyld cache))
WARNING conda.plugins.manager:load_entrypoints(114): Error while loading conda entry point: conda-libmamba-solver (dlopen(/Users/${USER}/miniconda3/lib/python3.11/site-packages/libmambapy/bindings.cpython-311-darwin.so, 0x0002): Library not loaded: @rpath/libarchive.13.dylib
  Referenced from: <C8DA2B44-4ACA-376E-BAFF-572CA6EBD14D> /Users/${USER}/miniconda3/lib/libmamba.2.0.0.dylib
  Reason: tried: '/Users/${USER}/miniconda3/lib/libarchive.13.dylib' (no such file), '/Users/${USER}/miniconda3/lib/python3.11/site-packages/libmambapy/../../../libarchive.13.dylib' (no such file), '/Users/${USER}/miniconda3/lib/python3.11/site-packages/libmambapy/../../../libarchive.13.dylib' (no such file), '/Users/${USER}/miniconda3/bin/../lib/libarchive.13.dylib' (no such file), '/Users/${USER}/miniconda3/bin/../lib/libarchive.13.dylib' (no such file), '/usr/local/lib/libarchive.13.dylib' (no such file), '/usr/lib/libarchive.13.dylib' (no such file, not in dyld cache))

#用户名用${USER}代替

可以看到报错提示找不到文件：libarchive.13.dylib

这个文件是 MacOS 系统上 libarchive 库的动态链接库文件，在运行 mamba 的时候无法加载

于是在电脑上查找这个文件：

sudo find / -name libarchive.13.dylib -print

#Result:
/usr/local/Cellar/libarchive/3.7.1/lib/libarchive.13.dylib

将上述文件链接到报错中提到的缺失路径中：

ln -s /usr/local/Cellar/libarchive/3.7.1/lib/libarchive.13.dylib /Users/${USER}/miniconda3/lib/

链接成功后，mamba 的报错问题就解决了：

5 At the End

如果 Mac 找不到 libarchive 库，可以考虑现在本地安装后再链接过去，如使用 Homebrew 安装：

#Make sure you have Homebrew installed on your Mac!
brew install libarchive

另外，Linux 的 libarchive 库的动态链接库与 MacOS 的不同，前缀是 libarchive.so

如果出现类似的报错，可以尝试使用链接的方法去解决。

本图文内容来源于网友网络收集整理提供，作为学习参考使用，版权属于原作者。
THE END
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